در دورهء مقدماتى افزون بر دو كتاب يادشده ، الفيه ابن ناظم ، مغنى اللبيب ، حاشيه ملّا عبد اللّه و مطول تفتازانى از ديگر كتاب‌هايى بود كه مغنيه درس گرفت و پس از آن خود به تدريس اين كتاب‌ها پرداخت . در تمامى اين دروس سيد محمّد سعيد فضل اللّه پاسخ‌گوى مشكلات و پرسش‌هاى مغنيه بود . مغنيه در دوره سطح ، معالم ، رسائل ، مكاسب و كفايه را فراگرفت . او مكاسب و كفايه را دوبار درس گرفت . كفايه را بار نخست از آية اللّه خوئى و بار دوم از شيخ محمّد حسين كربلايى آموخت . او قسمت‌هايى از مكاسب را نيز از آية اللّه خوئى فراگرفت و افزون براين ، يك دورهء كامل اصول را از آغاز تا پايان باب تعادل و تراجيح از استاد مسلّم فقه و اصول ، سيد حسين حمامى آموخت و از درس خارج اصول در فهم درست كفايه و رسائل سود مىبرد . مغنيه در مرحله بازخوانى كتاب‌هاى درسى روزانه بيش از يك درس نمىگرفت ؛ زيرا وى در مرحلهء اوّل به فهم درست مطالب نرسيده بود و ناگزير شد براى فهم كفايه ، مكاسب و . . . دوباره آنها را درس بگيرد . اهتمام او به فهم كفايه و رسائل او را وامىداشت از شروح كفايه استفاده كند و پرسش‌هاى خويش را با بزرگانى كه توانايى پاسخ گفتن به او را داشتند در ميان گذارد . در اصول بيشتر توجه مغنيه به تقريرات درس مرحوم نائينى اثر آية اللّه خوئى و اثر مرحوم شيخ محمّد على كاظمينى خراسانى است و در فقه در مرحلهء نخست ، جواهر و مسالك و در مرحلهء بعد حدائق ، مفتاح الكرامه ، ملحقات عروه ، بلغة الفقيه و مستمسك بيشترين توجه مغنيه را به خود جلب كرده است . از نگاه مغنيه ميرزاى نائينى در اصول در رتبهء شيخ انصارى است و پس از وى آخوند خراسانى در رتبهء بعدى قرار دارد ؛ امّا هنگام تحصيل و تدريس در نجف باور مغنيه آن بود كه شيخ انصارى در رتبهء اول و آخوند خراسانى در رتبهء دوم و ميرزاى نائينى در رتبهء سوم است .